Etiología y estacionalidad de las infecciones respiratorias viralesen menores de cinco años en Bucaramanga, Colombia / Etiology and seasonality of viral respiratory infections in children under 5 years of age in Bucaramanga, Colombia / Etiologia e sazonalidade das infeções respiratórias virais em menores de cinco anos em Bucaramanga, Colômbia

RESUMEN Objetivo: describir los virus asociados con infección respiratoria en niños en Bucaramanga. Materiales y métodos: estudio descriptivo con recolección prospectiva. Los participantes fueron menores de 5 años con fiebre y síntomas respiratorios de máximo 5 días de duración atendidos en dos instituciones de Bucaramanga. Se registraron los datos sociodemográficos, los antecedentes y los hallazgos del examen físico. Las muestras obtenidas por hisopado nasofaríngeo se procesaron para 15 virus respiratorios mediante una prueba múltiplex de reacción en cadena de polimerasa. Resultados: entre diciembre de 2012 y noviembre de 2013, se incluyó a 215 menores de 5 años (edad promedio: 14 meses). La positividad para al menos un virus fue 72 % y se identificó coinfección en 8,5 %. Los virus identificados con mayor frecuencia en las estaciones secas fueron el sincitial respiratorio, rinovirus A/B/C y metapneumovirus, mientras que en las estaciones lluviosas fueron parainfluenza 1/2/3, virus sincitial respiratorio e influenza. Se hallaron coronavirus y bocavirus por primera vez en este grupo de edad en Colombia. Conclusiones: una amplia variedad de virus respiratorios afecta a los niños en Bucaramanga y su ocurrencia a lo largo del año difiere de la de otras regiones de Colombia.

SUMMARY Objective: To describe viruses associated with respiratory infection in children in Bucaramanga, the main city in northeastern Colombia. Materials and methods: Descriptive study with prospective collection. Participants were children under 5 years with respiratory symptoms for a maximum of 5 days, treated at two institutions of Bucaramanga. Demographic data, medical and perinatal history and initial physical examination findings were recorded. Samples obtained with nasopharyngeal swabs were processed for 15 respiratory viruses by multiplex reaction polymerase chain test. Results: Between December 2012 and November 2013, 215 children less than 5 years (mean age 14 months) were enrolled. Positivity to at least one virus was 72 % and co-infection was detected in 8.5 %. The most frequently identified viruses in dry seasons were respiratory syncytial virus, rhinovirus A/B/C and metapneumovirus, while in the rainy seasons they were parainfluenza 1/2/3, respiratory syncytial virus and influenza. Coronavirus and bocavirus were identified for the first time in this age group in Colombia. Conclusions: A wide variety of viruses affects children in this area of Colombia, and their occurrence throughout the year is different from that reported in other regions of the country.

RESUMO Objetivo: Descrever os vírus associados com infecção respiratória em crianças em Bucaramanga. Materiais e métodos: estudo descritivo com recolecção prospectiva. Os participantes foram menores de 5 anos com febre e sintomas respiratórios de máximo 5 dias de duração atendidos em duas instituições de Bucaramanga. Se registraram os dados sócio-demográficos, os antecedentes e os resultados do exame físico. As amostras obtidas por hissopado nasofaringe se processaram para 15 vírus respiratórios mediante uma prova múltipla de reação em cadeia de polimerase. Resultados: entre dezembro de 2012 e novembro de 2013, se incluiu a 215 menores de 5 anos (idade em média: 14 meses). A positividade para pelo menos um vírus foi 72 % e se identificou co-infecção em 8,5 %. Os vírus identificados com maior frequência nas estações secas foram o sincitial respiratório, rinovírus A/B/C e metapneumovírus, enquanto que nas estações chuvosas foram parainfluenza 1/2/3, vírus sincitial respiratório e influenza. Se encontraram coronavírus e bocavírus por primeira vez neste grupo de idade na Colômbia. Conclusões: uma ampla variedade de vírus respiratórios afeta às crianças em Bucaramanga e sua ocorrência ao longo do ano difere de outras regiões da Colômbia.

Etiología viral de infección respiratoria aguda en niños menores de 5 años en las provincias Comunera y García Rovira de Santander / Etiology of acute respiratory infection in children under 5 years in the provinces Comunera and García Rovira of Santander

Introducción: La infección respiratoria aguda es una causa importante de morbimortalidad en menores de cinco años en los municipios de las provincias de Santander. La etiología viral en esos municipios no es bien conocida. Objetivo: El objetivo del estudio fue determinar la etiología viral de la infección respiratoria aguda en menores de cinco años en las provincias Comunera y García Rovira del departamento de Santander entre diciembre de 2012 y diciembre de 2013. Materiales y métodos: Estudio descriptivo en población usuaria de servicios de urgencias. Se obtuvieron muestras por hisopado nasofaríngeo y se realizó amplificación por reacción en cadena de polimerasa con el test Seeplex® RV15 OneStep ACE Detection, multiplex para 15 virus. Resultados: Participaron 64 niños, 57,8% niños de sexo masculino. El 26,6%, de los niños eran menores de un año. La positividad para virus fue del 37,5% de las muestras. El 75% de las muestras positivas fueron de la provincia Comunera y 25% de la provincia de García Rovira. Hubo co-infección por dos virus en 8,3% de las muestras positivas. Los virus más identificados fueron Rhinovirus (29%), Parainfluenza 4 (20,8%) e Influenza (12,5%). También se identificó Coronavirus, Adenovirus, Virus Sincitial Respiratorio, Metapneumovirus y otros virus Parainfluenza. Conclusiones: En las dos provincias de Santander evaluadas circula una amplia cantidad de virus respiratorios en menores de cinco años. El Rhinovirus fue identificado como el más frecuente. Se encontró presencia de Metapneumovirus y Coronavirus humano.

Introduction: Acute respiratory infection is a major cause of morbidity and mortality in children under 5 years in Santander (Colombia). Viral etiology in municipalities from this department is not well known. Objective: To determine the viral etiology of acute respiratory infection in children under five years in the provinces Comunera and García Rovira (Santander) from December 2012 to December 2013. Methodology: Descriptive study in pediatric population who attended the emergency services studied. Nasopharyngeal swab samples were obtained and a polymerase chain reaction was performed with Seeplex® OneStep RV15 ACE Detection, which is a multiplex test for 15 virus. Results: 64 children were enrolled, 57,8% being boys. 26.6% of participants were under one year. Virus positivity was present in 37.5% of the samples and 75% of the positive samples were from the province Comunera. Besides, 8.3% from positive samples were co-infected with two viruses. The most common virus were Rhinovirus (29%), Parainfluenza 4 (20.8%) and influenza (12.5%). Coronavirus, Adenovirus, respiratory syncytial virus, Metapneumovirus and other Parainfluenza virus were also identified. Conclusions: There is a wide circulation of respiratory virus in children under five in these two provinces of Santander (Colombia). Rhinovirus was the most frequent. Human Metapneumovirus and Coronavirus were also found.

Infecciones por Staphylococcus aureus meticilino resistente en niños en Bucaramanga Colombia / Methicillin-resistant Staphylococcus aureus infections in children in Bucaramanga Colombia

Introducción: La emergencia de infecciones, en niños, por Staphylococcus aureus meticilino resistente adquirido en comunidad (SAMR-AC) en niños constituye un problema de salud pública en varios países del mundo, sin embargo, en nuestro país hay pocos reportes sobre las características clínicas, factores de riesgo y características moleculares. Materiales y métodos: Estudio descriptivo que comparó el comportamiento clínico y epidemiológico de las infecciones por S. aureus meticilino resistente y S. aureus meticilino sensible. Se detectaron los genes mecA, lukS-PV y lukF-PV por amplificación y se determinó la resistencia a antimicrobianos. Resultados: De las 39 infecciones por S. aureus entre enero de 2008 y junio de 2009, el 60% fueron por S. aureus meticilino resistente, con mayor proporción de lactantes y uso previo de antibióticos en el grupo meticilino resistente. Predominó la localización Osteoarticular (54%) seguida de piel y tejidos blandos (41%). En los meticilino resistentes el gen mecA y lukS-PV y lukF-PV se detectaron en el 93% y 86% respectivamente. En el grupo meticilino resistentes y leucocidina de Panton Valentine positiva fueron más frecuentes los abscesos subcutáneos, una mayor respuesta inflamatoria y susceptibilidad a la mayoría de los antibióticos. Conclusión: Reportamos la presencia de infecciones por SAMR – AC (LPV +, con susceptibilidad a la mayoría de los antibióticos) en nuestro medio, con abscesos como foco clínico predominante y una mayor respuesta inflamatoria.

Introduction: The emergence of the infection by community-acquired methicillin-resistant S. aureus, in children, is a public health problem in many countries of the world, however, in Colombia, local dates about the clinical features, risk factors and molecular characteristic are scarce. Materials and methods: This descriptive study compared the clinical and epidemiological behavior of infections by methicillin-resistant S. aureus and methicillin suceptible S. aureus. The gen mecA and lukS-PV y lukF-PV were detected by amplification and antibiotic sensitivity was determinated. Results:From January 2008 to June de 2009, 39 infections caused by S. aureus were diagnosed, 60% by methicillin-resistant S. aureus. In the group methicillin-resistant, there were more proportion of infants and previous use of antibiotics. The most frequents location of the infection were: Osteoarticular (54%) and Skin and soft tissue (41%). The gen mecA and lukSPV y lukF-PV were detected in 93% and 86% of the methicillin-resistant S. aureus. Soft tissue abscess, an inflammatory response enhanced and sensitivity to the most of the antibiotics were most frequent in the group methicillin-resistant and Panton-Valentine leuokocidin (PVL) positive. Conclusions: We report the presence of infections by MRSA – AC, PVL + and sensitivity to the most of antibiotics, in our media. The most frequent features are the presence of soft tissue abscesses and an inflammatory response enhanced.

Influencia del método de desparafinación y el tiempo de almacenamiento en la extracción de DNA a partir de tejidos de archivo / Influence of the metod of dewaxing and the time of storage in DNA's extraction from stored tissues

Los tejidos fijados en formalina y embebidos en parafina son un material de incalculable valor para estudios retrospectivos que requieran aplicar el análisis molecular a muestras clínicas de archivo. Sin embargo, la extracción del DNA a partir de este material consume mucho tiempo y los reactivos usados pueden contribuir a su fragmentación y contaminación, dificultando de esta forma su uso para pruebas moleculares. En este trabajo se analizaron cuatro métodos de desparafinación y su efecto sobre la cantidad y calidad del DNA. Todos los métodos mostraron una alta fragmentación del DNA, con amplificación de fragmentos de tamaños menores a 200 pb. El método de microondas fue el único que permitió amplificación de fragmentos de mayor tamaño, además de presentar la ventaja de su simplicidad, poco tiempo de ejecución y bajo costo. El tiempo de almacenamiento influyó, obteniéndose amplificación hasta 6 años y no en muestras almacenadas 10 años.

Formaline-fixed and paraffin wax embedded tissues are an invaluable source for retrospectives molecular analysis with clinical correlation. However, DNA extraction from this type of material demands a prolonged time and the DNA is often highly fragmented and contaminated by protein agents, making it inadequate for molecular purposes. Four methods to deparaffinization are tested and compared the quality and quantity to DNA obtained. All techniques lead to DNA degradation but only short sequences can be amplified, less than 200 bases in all methods. The most efficient method uses a microwave to melt the wax. This method was quick, straighforward, cheaper and effective to amplify fragments the 450 pb. The time of storage influenced, with amplification to specimens to 6 years and not in samples stored 10 years